近些时间，由于组内项目需要，在自学lammps安装使用的相关问题。
Lammps对于初学者极不友好，安装使用lammps不仅需要分子动力学的相关专业知识，同时也需要掌握Linux，Cmake等相关计算机的基础知识。Linux本身对初学者也很不友好，所以，特写此文，希望可以帮助到那些也挣扎在学习Lammps路上的同学们。本文中，一些内容来源于网络和Lammps官方手册，如有侵权，请您联系我删除，谢谢！
（笔者的配置环境是Ubuntu 22.04 LTS，如您使用Windows或其他Linux发行版，请自行参照安装手册。）
首先，想告诉大家，如果是初学者，安装Lammps要有耐心！笔者在本科阶段从事过ROS机器人的相关开发工作，故学习过一些Linux基础，但是在此次安装中依然遇到了很多问题；遇到没问题，寻找解决办法的过程亦是学习的过程。大家遇到任何问题，可以在CSDN、Google或MATSCI（https://matsci.org/c/lammps/40）的官方论坛检索错误代码寻找解决方案，如果无解，可在MATSCI论坛发表求助帖，会大神帮你解决。
Lammps官方提供了两个版本供各位选择，一个是Pre-build版，安装会相对容易，但是功能包有限，适合学习或者简单的模拟任务；还有一种是完整版的，完整版的分为两种编译模式，一种是传统的make安装，另一种为Cmake安装；在这里笔者强烈建议大家使用Cmake方式安装完整版Lammps。使用Cmake安装有点众多，如：CMake可以检测可用的硬件、工具、功能和库，并相应地调整LAMMPS默认构建配置；CMake可以为不同的构建工具和集成开发环境（IDE）生成文件；Lammps中所有启用的组件都在单个构建操作中编译等。
- 安装依赖
Lammps需要几个依赖环境来运行，所以，第一步我们需要先把必要的依赖安装完成，不然后面一定会报错；
请在Ubuntu打开终端并执行以下命令：
$ apt install build-essential
$ apt install cmake apt install gfortran
$ apt update apt upgrade
FFTW，快速傅里叶变换所需的软件包，如果没有安装其他版本，将会使用LAMMPS自带；如果有其他版本，CMake将会自动检测。
- 下载源码包并解压
源码有两种方式获得；1、使用Git命令 2、官方Github下载
Git命令：git clone https://github.com/lammps/lammps.git
下载后，请在终端中cd到压缩包存放的目录：
之后，执行：tar -zxvf lammps-devlop.zip 解压到此目录
- 安装并行LAMMPS所需的并行框架mpich (4.0.2版本见文末链接下载)，若使用OpenMpi请举一反三。首先去官方网站下载mpich3的源码，然后
请在终端中执行：
$ tar -zxvf mpich3.tar.gz #解压缩
$ ./configure –enable-shared=yes #–enable-shared=yes是必不可少的参数；如果安装到其他路径，注意环境变量的问题。
$ make
$ make install
- 编译安装Lammps
我们需要自行在解压出的lammps文件夹中建立build文件夹后进行编译操作：
命令：
请在终端中执行：
$ cd lammps #进入源码根目录
$ mkdir build
$ cd build
这里我们需要讨论一下如何选择需要编译的包。众所周知，巴比塔不是一伙人建成的，同样，LAMMPS开发组也不会事必躬亲，所以肯定要借助别人的代码来完善功能。由于这些代码的贡献者不同，因此很多功能不能合并到主线当中；又或者是有些包是只有少部分人会用到或者还要依赖其他的工具，因此给出了一个选项，允许各位选择什么包需要编译，什么包不需要。这个文件就叫*.cmake*。（*.cmake文件在 lammps/cmake/preset目录下
）
那么，什么是编译呢？
说白了，我的理解就是，在Windows上，我们安装软件，有一个安装向导，向导会指引你一步一步成功安装软件；但是在Linux中不一样，我们没有安装向导，我们只能按照我们的需要，使用命令去安装软件；（也就是说，Windows装软件像一键安装脚本，所有的安装流程都是自动操作的，有可视化的GUI；但是Linux没有一键脚本，我们只能手动告诉电脑怎么装）；
我们随意打开一个.cmake文件看：
这几行代码说明的意思是不言自明的。很显然，set()声明了一个名为ALL_PACKAGE 的集合，集合中包括了一些包的名称。然后在一个foreach循环中，将ALL_PACKAGE的包全部ON。因此如果你需要加减什么包，可以自行从这个集合中添加或者移除。presets里同时还提供了其他的预设文件可供参考。笔者使用了all on文件，打开了所有的功能包。
我们使用以下命令按需选择预设包进行编译：
$ cmake -C ../cmake/preset/all_on.cmake ../cmake #从../CMake/preset/all_on.cmake读取CMake脚本的配置
$ make #编译
这将创建并更改build文件夹，然后运行预配置的build命令生成构建文件，然后启动该构建命令来编译LAMMPS。在配置步骤中，CMake将尝试检测是否支持MPI、OpenMP、FFTW、gzip、JPEG、PNG和ffmpeg，并启用相应的配置设置。我们可以在屏幕上跟踪此配置的进度，最后将打印所选选项和设置的摘要。make命令将启动编译，如果编译成功，最终将生成库liblammps。最终在构建文件夹中生成LAMMPS的可执行文件lmp。
如果您的机器有多个CPU内核（目前大多数计算机都是多核CPU），可以通过使用make-jN并行编译源代码来加快速度（N是并发执行的最大任务数）。
编译后，您可以选择将LAMMPS可执行文件安装到系统中，命令是：
$ make install
至此，Lammps安装完成，下面我们使用自带的几个例子来检测Lammps是否安装成功；
自带的例子在/lammps/examples/目录下；
请在终端执行：
$ cd lammps/examples/melt/
$ lmp -in in.melt
如果出现如下图示，则说明，您的安装已成功！
这时，在melt目录下，将生成log.lammps，即为模拟结果：
P.S 如过出现错误：lmp无法找到时，是因为您未在/home/usrname/.bashrc文件中添加环境变量（环境变量添加教程，请点这里），可以选择添加环境变量：也就是将：export PATH=~/lammps/build/lmp:$PATH添加至.bashrc文件中；或在终端中直接执行export PATH=~/lammps/build/lmp:$PATH使其在本个终端中生效即可！
P.S. MPICH 4.0.2版本，请点此下载
